注入口からシリンジ等で打ち込まれたサンプルは、キャリアガスによってカラムに移動する。カラムによって各成分は分離されその検出器で電気信号に変換される。時間を横軸に、検出器から得られた信号強度を縦軸にとることでクロマトグラフが得られ、保持時間から物質の同定、ピークと呼ばれるクロマトグラフの高さまたは面積から定量を行う。